1．特别保护区
该区域为保护天然状态的生态系统、生物进程以及珍稀、濒危动植物的集中分布区域，主要包含福建武夷山国家级自然保护区核心区和缓冲区，面积为418.14 km2，占总面积的41.75%。
2．严格控制区
该区域为保护具有代表性和重要性的自然生态系统、物种和遗迹等的区域，主要包含福建武夷山国家级自然保护区实验区，武夷山国家级风景名胜区一级保护区，不包含村庄生产生活区域，面积为98.41 km2 ，占总面积的9.83%。
3．生态修复区
该区域为生态修复重点区域，同时也是向公众进行自然生态教育和遗产价值展示的区域。主要包含武夷山国家级风景名胜区二级、三级保护区；九曲溪上游保护带；光泽武夷天池国家森林公园及周边公益林，邵武市国有林场龙湖场，不包含村庄生产生活区域，面积为364.53 km2，占总面积的36.40%。
4．传统利用区
该区域为原住居民生活和生产的区域。主要包括福建武夷山国家级自然保护区、风景名胜区、九曲溪上游保护带、光泽武夷天池国家森林公园及周边公益林区域的村庄生产生活区域，主要为武夷山市的桐木村、星村村、程墩村、红星村、南源岭村及黄柏村天心村，光泽县的大洲村，建阳区的坳头村、桂林村等周边区域。同时考虑毛竹林是再生性很强的森林资源，科学合理利用有利于增强毛竹林群落结构稳定，发挥毛竹生态效益，而且毛竹是当地社区的重要收入来源，因此将自然保护区实验区、九曲溪上游保护带及风景名胜区、邵武市国有林场龙湖场的毛竹，光泽武夷天池国家森林公园及周边公益林区域的毛竹和茶山（数据来源：2016年森林资源二类调查档案数据）划入传统利用区。传统利用区面积为120.33km2，占总面积的12.02%。
