武夷山国家公园管理局于2017年组建成立。
主要职责
　　1、贯彻执行中央和省委、省政府关于国家公园体制试点的有关方针政策，组织起草武夷山国家公园体制试点区（以下简称国家公园）相关法规规章，研究制定各项管理制度。 
　　2、全面负责国家公园内的自然、人文资源和自然环境的保护与管理，规划与建设工作。
　　3、组织制定国家公园内各种发展规划，各类人文、自然资源的保护与开发利用方案。
　　4、组织开展资源调查并建立档案，组织生态环境监测。
　　5、引导社区居民合理利用自然资源。
　　6、组织开展游憩、科普宣教、科研合作和科学研究工作。
　　7、组织实施国家公园特许经营，提出门票价格制定的政策建议。
　　8、协调有关地区和部门在国家公园内驻派机构的工作。
　　9、接受省有关部门的业务指导。
　　根据承担的职责，武夷山国家公园管理局设置5个内设机构，办公室、政策法规部、计财规划部、生态保护部、协调部，机构规格为正科级。
　　所属事业单位：
　　武夷山国家公园执法支队（原福建武夷山国家级自然保护区管理局）为参公管理的事业单位，机构规格为副处级，受委托承担国家公园内相关行政执法工作。执法支队下设3个执法大队，机构规格为正科级。
　　武夷山国家公园科研监测中心，加挂“福建省武夷山生物多样性研究中心”牌子。作为武夷山国家公园管理局所属事业单位，机构规格为副处级，主要承担国家公园有关科普宣教、宣传推广、科研合作、科学研究和环境监测的具体工作。