元承宋祚，理学到元朝受到了朝廷的重视。特别值得注意的是，朱子学说开始成为官学。与此同时，在元人丞相脱脱主撰的《宋史》中，首开《道学传》，把程、朱和与程、朱观点相近的两宋人物，正式列入孔孟以后的儒学“道统”中。这两点，在理学上的影响，直至于明、清。元仁宗年间，武夷山获得最大的殊荣，因为它孕育的大理学家胡安国的《春秋传》、朱熹的《四书章句集注》、《诗集传》、蔡沈的《书集传》被朝廷诏颁为科举取士的经文定本。民国《崇安县新志》对此评论说：“自此，本邑学术执全国之牛耳而笼罩百代矣！”
元朝80余年，聚居于武夷山中的理学家中，最为著名的要数熊禾和杜本两位大家。
熊禾（1253-1312），字去非、位辛，初名鉌，号勿轩、退斋，学者称为勿轩先生，福建崇安县丰阳里（今武夷山市星村镇南部）人。咸淳十年（1274年）进士。曾随朱熹的学生辅广学习。他自己说过，在漫游浙江时，因为受到了刘敬宣先生（辅广早期的弟子）的教育而得以悟出朱子理学的要旨。曾任宁武州司户参军，为官时多有政绩。宋亡后，为保持民族气节，绝意仕室，“遂束书入武夷山”，并筑了供隐居学习的“洪源书室”。（清·董天工《武夷山志》）
“洪源书室”座落在武夷五曲之畔的晚对峰，左临朱熹曾题赞为“溪山第一”的城高岩、响声岩的和相传为皇太姥隐居之所的太姥岩。右傍凛然峭立的玉柱峰和更衣台，与平林渡口的朱熹“武夷精舍”相对，以寓仰止之思，与乡贤宋著名理学家刘珙所建的“仰高堂”为邻。
熊禾隐居之初，以其崇高的气节和精深的学识吸引了一大批学者和文士，人们尊其为师长，同其研讨义理，为此，熊禾开始在书室中讲学，“四方来学者云集，粝食涧饮，日以孔孟之道相磨礲。”（民国《崇安县新志》卷二十二）人称其“下笔成文，追踪韩柳”（许天锡《熊勿轩先生书院记》），因而盛誉天下。当时的学者名流，诸如胡庭芳、詹君履等人都曾特地来拜访，而求学者更多得难以计数。熊禾为此看手改建书堂，将“洪源书室”扩建为“洪源书院”。前设“传衷堂”，后为“道源堂”，右为“渊源师友祠”，以祭祀周敦颐、程颢、程颐、张载、朱熹，左侧则是“熊氏忠孝节义祠”。胡庭芳虽为易学大家，造诣颇深，名重一方，但也经常前来洪源书院与熊禾论道，“挟道相访，退自叹不如，乃频年就之讲论，庭芳之学益以明。”（民国《崇安县新志》卷二十二《熊禾传》）熊禾亦有多篇文字送胡庭芳，以阐发自己的理学精要。
熊禾素来敬仰朱熹，他在《考亭书院记》中写道：“周东迁而夫子出，宋南渡而文公生。”对朱熹推崇备至，卜居于“洪源书院”期间，他还曾分别上《重修武夷书院疏》、《重建朱文公神道门疏》，以期弘扬朱子之学。他称朱熹为“百世之师……公之文，如日丽天；公之神，如水行也。”（《重建朱文公神道门疏》）
熊禾卜居武夷达十二年之久，曾通览朱子诸书，选择其中精要者辑为一册为《文公要语》，为人们研习朱熹的思想、理论，提供了极有益的帮助，还撰写了《诗说》、《春秋议考》等著作，留下了《升真观记》、《谒隐屏书院》等许多诗文。后来他迁至距武夷不远的鳌峰主办书院，临别时还特留下一首诗与诸友人告别：
斯文一缕千钧重，我辈三纲五典身。
日迈月征各珍重，几多疏缺待弥伦。
“洪源书院”历元至明中叶，因失修而渐趋倾圮，熊禾的十二世孙，当时名士熊之璋不忍先祖之业至此泯灭，为倡明朱子理学，继承家学渊源，遂耗尽所有的家财，将“洪源书院”整修一新，并改为“熊勿轩先生书院”，请当时享有盛誉的文学家许天锡作文记之，然后延请江西进贤的著名学者熊明遇先生（族亲）来武夷主持学院，使学院蔚然一新，欣欣向荣。
“洪源书院”后来由于战乱和年久失修，而渐渐颓废。现在虽只有淹没在荆棘中
