武夷山国家公园总面积1280平方千米，位于闽赣交界武夷山脉北段。涉及福建省、江西省2省，南平市、上饶市2市，武夷山市、建阳区、光泽县、邵武市、铅山县5县（区、市）12乡（镇），其中福建省域内面积1001.41平方千米，占总面积的78.2%。
地质地貌
武夷山国家公园主要分布了前震旦系和震旦系的变质岩系，中生代的火山岩、花岗岩和碎屑岩。
在中生代晚期，武夷山发生了强烈的火山喷发活动，继之为大规模的花岗岩侵入，为典型的亚洲东部环太平洋带的构造特征。其后，武夷山地区发育了一套河湖相沉积，产有丰富的动、植物化石，成为研究我国东部侏罗系、白垩系地层及时代划分的典型剖面。白垩纪晚期的红色砂砾岩是形成丹霞地貌的主体。
中生代的地壳运动奠定了武夷山地貌的基本骨架。岩性对武夷山地貌发育也很明显，西部海拔1500m以上的山峰，基本上由坚硬的凝灰熔岩和流纹岩等构成，东部红色砂页岩地区则往往发育有较宽的谷地和盆地。所以武夷山丰富的地貌类型是地质构造、流水侵蚀、风化剥蚀、重力崩塌等综合作用的结果。
气候情况
武夷山国家公园属中亚热带季风气候型，西北部的高大山体构成了一道天然屏障，冬季阻拦、削弱了北方冷空气的入侵，夏季抬升、截留了东南海洋季风，形成了武夷山地区中亚热带温暖湿润的季风气候，具有气候垂直变化显著、温暖湿润、四季分明、降水丰富等特点。
武夷山国家公园总体年均气温约17℃～19℃，1月均温6～9℃，极端低温可达-9℃，7月均温28℃～29℃；年均降水量1684～1780毫米，主峰黄岗山年均降水量高达3400毫米。国家公园植被茂密，雨量充沛，年均相对湿度高达78%，一年内各月平均相对湿度有较明显的变化。
土地资源
根据武夷山国家公园（福建片区）自然资源统一确权登记数据统计，全民所有土地面积33937.2hm²，占33.89%；非全民所有土地面积66191.85hm²，占66.11%。按照第三次全国国土调查统一时点更新调查数据统计，武夷山国家公园（福建片区）土地利用类型以林地为主，面积95064.66hm²，占94.94%。
植物资源
武夷山国家公园属亚热带常绿阔叶林区域，中亚热带常绿阔叶林地带，浙闽山丘甜槠、木荷林区。公园内自然环境多样，发育着多种多样的植被类型，还有210.70平方公里原生性森林植被未受到人为破坏，是世界同纬度保存最完整、最典型、面积最大的中亚热带森林生态系统。国家公园内相对海拔最高达1700米，随着海拔的递增，气温的递减和降水量的增多，植被垂直带谱明显，依次分布有常绿阔叶林、针阔叶混交林，温性针叶林、中山苔藓矮曲林、中山草甸五个垂直带谱，是中国大陆东南部发育最完好的垂直带谱。
根据国内外数十年来以来对武夷山地区的野外调查、植物标本采集、鉴定、整理和统计，武夷山国家公园共记录高等植物261科2866种（含种下等级，下同），包括苔藓植物70科345种、蕨类植物25科246种、裸子植物7科26种和被子植物159科2249种。此外，还记录藻类73科191属239种、真菌38科83属503种和地衣13科35属100种。这些物种既有大量亚热带的物种，也有从北方温带分不到这里的种类和从南方热带延伸到这里的种类，具有很高的植物物种丰富度。
武夷山国家公园（福建片区）共有各类保护植物216种，收录国家重点保护野生植物63种，其中国家Ⅰ级重点保护野生植物有水松和南方红豆杉2种，国家Ⅱ级重点保护野生植物有伯乐树、白豆杉、榧树等61种。列入中国生物多样性红色名录近危及以上的有155种，列入CITES附录的有74种。武夷山兰科植物尤其丰富，已知有32属78种，宽距兰，多花宽距兰为中国新记录种，盂兰为福建省公布新记录。而蕨类就有14个，如武夷山铁角蕨、武夷蹄盖蕨、武夷耳蕨、武夷假瘤足、武夷粉背蕨、武夷凸轴蕨等以“武夷”作为种加词的就达6种之多。武夷山的古树名木具有古、大、珍、多的特点，如武夷宫880年树龄的古桂、坑上980年树龄的南方红豆杉等，具有极高的科研和保存价值。
动物资源
武夷山国家公园在中国动物地理区划上属于东洋界中印亚界的华中东部丘陵平原亚区。国家公园内地貌复杂，生态环境类型多样，为野生动物栖息繁衍提供了理想场所，被中外生物学家誉为“蛇的王国”、“昆虫世界”、“鸟的天堂”、“世界生物模式标本的产地”、“研究亚洲两栖爬行动物的钥匙”。根据大量涉及武夷山国家公园及其周边地区的调查研究文献，同时结合因分类学进展而变化的种类对原有的物种进行修订，经初步统计，武夷山国家公园共记录野生脊椎动物5纲37目148科420属690种，包括哺乳类8目23科56属78种、鸟类20目76科230属391种、爬行类2目22科56属95种、两栖类2目10科25属46种、鱼类5目17科53属80种，表现出丰富的物种多样性。此外，武夷山国家公园所在区域现已整理鉴定出昆虫6913种。在动物种类中尤以两栖、爬行类和昆类分布众多而著名于世。
在武夷山国家公园（福建片区）记录的高等脊椎动物中，共记录国家级重点保护物种、CITES附录物种及受威胁物种142种，黑麂、黄腹角雉等16种列入国家Ⅰ级重点保护野生动物，藏酋猴、中华鬣羚等93种列入国家Ⅱ级重点保护野生动物。高等脊椎动物中还记录中国特有野生动物97种，崇安髭蟾（角怪）、崇安地蜥、崇安斜鳞蛇、挂墩鸦雀更为武夷山所特有。此外，武夷山国家公园（福建片区）昆虫记录7种国家重点保护动物，包括国家Ⅰ级重点保护野生动物1种，即金斑喙凤蝶，国家Ⅱ级重点保护野生动物6种。综上所述，武夷山国家公园（福建片区）的物种保护价值和特有化水平在福建省乃至华东地区是极高的。
水生生物资源
武夷山国家公园拥有丰富的水生生物资源，包括浮游藻类、浮游动物、底栖动物、鱼类和水生动物等。其中，高等水生植物共计42科51属139种，浮游动物67种，鱼类22科56属104种，以及中华鳖、大鲵等水生动物。
历史与文化遗产资源
武夷山是座历史文化名山。早在新石器时期，古越人就已在此繁衍生息。如今悬崖绝壁上遗留的“架壑船”和“虹桥板”，就是古越人特有的葬俗。西汉时，汉武帝曾遣使者到武夷山用干鱼祭祀武夷君。唐代，唐玄宗大封天下名山大川，武夷山也受到封表，并刻石记载。还明令保护山林，不准砍伐。唐末五代初，杜光庭在《洞天福地记》里，把武夷山列为天下三十六洞天之一，称之为“第十六升真元化洞天”。宋绍圣二年（1095年），祷雨获应，又封武夷君为显道真人。
从历史和科学的角度看，武夷山具有突出、普遍价值，不仅能为已消逝的古文明和文化传统提供独特的见证，而且与理学思想文明有着直接的、实质性的联系，符合世界文化遗产第3、5标准。大自然赐予了武夷山独特和优越的自然环境，吸引了历代高人雅士、文臣武将在山中或游览、或隐居、或著述、或授徒，前赴后继，你来我往。自然山水陶冶了人们的性情，启迪了人们的智慧，人类的活动传播，发展了武夷山，为自然山水增辉添彩。先民的智慧，文士的驻足在九曲溪两岸留下众多的文化遗存：有高悬崖壁数千年不朽的架壑船棺18处；有朱熹、游酢、熊禾、蔡元定等鸿儒大雅的书院遗址35处；有堪称中国古书法艺术宝库的历代摩崖石刻450多方，其中有古代官府和乡民保护武夷山水和动植物的禁令13方；有僧道的宫观寺庙及遗址60余处。
武夷山是三教名山。自秦汉以来，武夷山就为羽流禅家栖息之地，留下了不少宫观、道院和庵堂故址。武夷山还曾是儒家学者倡道讲学之地。
