内设机构

• 综合处
• 规划财务处
• 自然资源资产管理处
• 生态保护修复处
• 执法监管一处
• 执法监管二处
• 宣传教育处
• 机关党委（人事处）

直属事业单位

• 武夷山国家公园福建科研监测中心
• 武夷山国家公园福建保护站（星村、武夷、洋庄、桐木、黄坑、水北、寨里）